パズー

スラッグ渓谷の銀鉱山で働く少年。自称石頭。両親とは死別しており、高山近くの小屋で一人暮らしをしている。白い鳩を飼っていて、毎朝トランペットを吹いた後にエサをあげるのが日課。

ラピュタの発見により詐欺師扱いされて死んだ父の汚名をはらすため、自らラピュタを発見するのが夢で、そのために飛行機を自作している。

シータ

映画の冒頭で空から落ちてきた少女。空で海賊に襲われた飛行船から落ちつつも、飛行石の力で助かった。落下のショックで気を失っているところを、炭鉱町でパズーに助けられる。

実は、「リュシータ・トエル・ウル・ラピュタ」という秘密の名前をもつ、ラピュタ王家の末裔。
ラピュタ語で「トエル」は真、「ウル」は王という意味をもつ。

首に下げている青いネックレスは、飛行石の結晶。
両親を亡くしたあと、両親が残してくれた家と畑によって１人で暮らしていたが、ムスカ率いる特務機関にさらわれ、飛行船に乗っていた。

山育ちで木登りができ、視力もいい。
料理が得意。

ムスカ

政府に属する特務機関の大差で、シータが持つ飛行石を狙っている。頭脳派でメモが好き。冷徹で怒りっぽい、サングラスの男。
実は、シータと同じくラピュタ王家の末裔で、「ロムスカ・パロ・ウル・ラピュタ」という秘密の名前をもつ。

滅びのことばにより、ラピュタが崩壊した後、ラピュタの瓦礫とともに海に落ちる。（劇中よく見ると、瓦礫と共に落下しているムスカが映っている）

ドーラ

空中海賊船タイガーモス号の女船長。海賊らしい豪快さを持ちながらも頭脳明晰で、暗号の解読や、地図やそろばんの扱いはお手の物。体格は大柄で大食い。

若い頃はスタイルもよく、勝気な表情を見せる美女で、シータを指して「私の若い頃にそっくりだよ（精神面）」と言っているが、あながち冗談でもないのかもしれない。（劇中、ドーラの寝室に若い頃の写真がちらっと映る）

既になくなっているドーラの夫が発明家で、タイガーモス号の海賊道具は彼の遺品。

ダッフィー

パズーと同じ鉱山で働く鉱山夫で、パズーの親方。体が大きく、気持ちは優しい力自慢。妻である”おかみさん”と、幼い娘マッジとの３人暮らし。

おかみさんは、「魔女の宅急便」のパン屋のおソノさんに、雰囲気が似ている。

シャルル

ドーラ３兄弟の長男。大柄でゆたかなヒゲを蓄えている。力自慢で、炭鉱町ではパズーの親方ダッフィーと殴り合った。
好物はプディング。

元阪神のランディバースに似ている。

ルイ

ドーラ３兄弟の次男。背が高いちょびヒゲ。
好物はミンス・ミートパイ。

アンリ

ドーラ３兄弟の三男。そばかすがあり、幼い印象。
好物は？「なんでも食うよ！」

ハラ・モトロ

タイガーモス号のベテラン技師。かなりの高齢で、ドーラとは古い友人。ドーラの父の代から海賊の配下として仕えている。ドーラの息子のルイによると「ママよりこわい」らしい。

グルグル眼鏡でヒゲがあり、顔は「千と千尋の神隠し」に出てくる釜爺に似ている。

ポムじいさん

鉱山町に住んでいる老人。石の知識に精通していて、石の声を聞く。石のざわめきが気になり、地下に下りてきたところを、パズーとシータに出会った。２人にラピュタと飛行石のことを教え、出口まで案内する。

宮崎駿氏によると、キャラクターのモデルは森康二と近藤喜文。

モウロ将軍

軍から派遣されたラピュタ探索の指揮官。ハゲ頭と丸いお腹が特徴的で、欲深く怒りっぽい性格。部下からの信頼は厚いが、ムスカとは反発しあっている。

ラピュタの力を手に入れたムスカにより、部下と共にラピュタから空中に投げ出される。

バルス

シータとパズーが最後に叫んだ、滅びの言葉。ラピュタ語で「閉じよ」という意味。ラピュタ城の中枢である巨大飛行石に命令を伝え、中枢部の回路を自壊させ、城全体を崩壊に導く。

リーテ・ラトバリタ・ウルス　アリアロス・バル・ネトリール

ラピュタ語で「我を助けよ、光よよみがえれ」という意味。シータは幼少期、この呪文を「困ったときのおまじない」として祖母から教わっていた。

劇中では、シータがこの言葉をつぶやいたことにより、飛行石の力が発動。眠っていたロボット兵が動き出し、飛行石がラピュタの位置を指し示した。

他にも、物を探したり、病気を治す力があるという。